卵巢的囊肿，有生理性囊肿及病理性囊肿，生理性囊肿一般对身体没影响。
但病理性囊肿对身体的影响大小，需要看囊肿的形质，有些恶性的囊肿对生命造成影响，会明显影响生活质量的，如卵巢癌。目前癌症还没有根治的办法，需要手术治疗，甚至是放疗、化疗等，从而严重危害身体。
对于卵巢良性的肿瘤，一般也需要行手术治疗，甚至有些需要切除双侧卵巢等，导致手术创伤，及术后因无卵巢导致其它严重不适，也会对身体有一定的影响。
对于卵巢巧克力囊肿，虽是良性肿瘤，但因痛经，甚至有些严重的痛经，也对女性的身心造成不定程度的伤害。所以对于女性卵巢囊肿对女性身体的危险，同时因卵巢在盆腔，很多早期没有症状，建议女性定期复查是很重要的，避免耽误早期发现、早期治疗的时机。