扁桃体发炎是否可以自行恢复，取决于引起扁桃体发炎的致病菌而定的。
引起扁桃体发炎有可能是细菌，也有可能是病毒。如果是病毒引起的扁桃体发炎，患者的身体素质较好，自身的免疫力也可以杀灭寄存在扁桃体部位的病毒，平时注意多饮水可以自行恢复。
如果细菌感染引起的扁桃体发炎，通常多见于肺炎链球菌、葡萄球菌等，这种情况治愈的可能性是很低的，需要口服或者静脉点滴抗菌药物进行治疗，否则有可能越来越严重，有可能会导致化脓性扁桃体炎。