各种非手术疗法治疗肛瘘只能缓解症状，根本无法达到彻底治愈的目的，因此治疗肛瘘只能采用手术方法治疗。肛瘘常用的手术方法有瘘管切开术、挂线疗法、肛瘘切除术，手术治疗的原则是：
一、正确寻找到内口并处理好。
二、肛瘘的创面要保持底小口大，保证创面的愈合先从基底部开始，以防皮肤过早粘连，形成假性愈合。
三、最小限度的切断括约肌或者是不切断，防止术后发生肛门失禁。
四、纵形切开肛尾韧带，不可以横切，避免造成肛门前移或塌陷。
五、切开时造成的损伤越小越好，减少肛门功能的损伤。