肛瘘的药物治疗效果，一般不如手术治疗效果明显。
肛瘘的病理是肛门直肠周围间隙脓肿，在自行破溃或者手术切除后，形成的通向体表的异常通道，内口都在齿状线附近，受粪便污染和肛窦、肛窦隐窝继发慢性感染，瘘道内存有炎性物质和浓稠分泌物，经久不愈。所以，完全依赖药物不能去除肛瘘的致病因素，效果较差。
只有通过去手术切除感染的肛窦隐窝、肛窦，完整切除瘘管和外口，才能达到痊愈的目的。肛瘘的药物治疗可以配合手术使用，也可以作为肛瘘前期治疗措施。