早上起床时出现尿液发红可能的原因是患有尿路结石、感染、膀胱肿瘤性病变等。结石损伤尿道内血管，病菌感染导致尿道内血管过度扩张，可导致尿液颜色变红。
肿瘤细胞对血管的侵蚀损伤，也可引发尿液发红。可结合彩超、膀胱镜、组织病理学等检查，明确疾病诱因。早上尿液变红的另一可能原因是睡前饮水太少，尿液浓缩，尿液有形成分比例增高，引起尿液发红或变黄，增加饮水即可恢复正常的尿液颜色。
由于治疗疾病服用维生素B2、利福平等药物，也可发生尿液红色，停药后尿液颜色即可恢复正常。