新生儿室间隔缺损，如果缺损的面积不是很大，不严重，并且没有缺氧等症状出现，可以暂时进行观察。部分先天性心脏病的患儿有进行自行愈合的可能，不需要特殊处理。
但是需要加强护理，尽可能避免发生感染，以防止增加肺部的负担。但如果室间隔缺损的面积比较大，而且超声心动图或者心电图都提示心脏增大，或者有明显的缺氧症状，就需要及时通过外科手术，或者介入的治疗手段进行室间隔的修复。防止病情发展，出现肺动脉高压等严重的症状，从而延误手术时机，进而有可能会影响生长发育。