晚上阴囊根部痒，多考虑可能为阴囊湿疹所引起。通常是男性在平时爱穿紧身裤，或者工作的原因需要长时间久坐，所以容易导致阴囊部位潮湿，进而诱发阴囊湿疹。可表现为阴囊根部晚上瘙痒，同时还可伴有黄色液体渗出。
还可能为阴虱病所引起。如果男性患有阴虱病，由于生殖器部位存在阴虱，阴虱通过叮咬、吸血，会造成患者的阴囊根部瘙痒。尤其在晚上阴虱的活动能力增强，就会导致阴囊在晚上更加瘙痒。
另外，还可能为性传播疾病所致。常见于传染性软疣、生殖器疱疹等疾病，会导致患者的阴囊部位出现丘疹、水疱，也会造成晚上阴囊根部瘙痒。