判断卵巢囊肿良性、恶性，一般是通过卵巢囊肿大小，卵巢囊肿边界回声，以及卵巢囊肿周边是否有血流信号来判断。
再有可以通过肿瘤标志物来检查，一般是到医院抽血做肿瘤标志物检测，如果肿瘤标志物检查显示高于标准值两倍以上，一般提示有恶变倾向。
卵巢囊肿提示周边边界不规则，血流信号丰富，这种情况一般提示有恶变倾向。如果是边界清晰，回声良好，周边没有血流信号，肿瘤标志物显示阴性，这种情况是提示良性的。