卵巢囊肿判断恶性的方法可以从患者的病史、体征、临床症状、辅助检查的结果进行综合判断。恶性的卵巢囊肿患者，一般病史比较短，短时间内卵巢囊肿发生迅速的增大，患者的囊肿多为双侧，做妇科检查的时候可以发现囊肿的位置较固定，表面凹凸不平，甚至是结节状的。
有的患者还会伴有腹水，做腹腔穿刺的时候腹水是血性的。化验的时候也能查到恶性的肿瘤、恶性肿瘤细胞。患者的一般状态比较差，会出现发热、消瘦、乏力，严重的会出现恶病质。
做超声的时候可以看到肿物边界不清，内部有光团，周围血流比较丰富，有的患者还伴有腹水的。最后确诊还是要靠手术进行治疗的，手术将肿瘤切除送术中冰冻，才能最后判断是否是恶性。