引起小孩心肌炎的病因最常见的为病毒感染。
空气中弥漫着大量的不同类型的病毒，小孩子抵抗力较弱，在天气变化时导致上呼吸道病毒感染，当上呼吸道病毒感染未经及时治疗控制时，病毒可以破坏上呼吸道毛细血管侵入血液。当病毒进入血液时可以随血液流动至心肌细胞。此时，一些噬心肌细胞的病毒可以在心肌细胞上发生剧烈的炎症反应，导致心肌炎的发生和发展。
发生心肌炎时需要及时的抗病毒、补液、抑制炎症、维持心肌细胞功能等药物对症治疗。