针对自主神经功能紊乱的治疗主要是针对病因治疗，主要是针对原发病治疗，比如更年期综合征、甲亢、帕金森病等。同时应注意去除诱发因素，在平时应注意做好心理调节、放松精神，避免精神紧张、焦虑、避免身体过度劳累等。也应注意规律作息，不要熬夜。
饮食方面合理膳食，调整不良的饮食习惯，避免喝浓茶、咖啡等。去除上述诱因，有利于调节神经功能紊乱，促进神经系统与机体的各个器官协调。
此外，针对比较严重的患者，还需要应用药物进行治疗，临床上常用药物主要有谷维素、B族维生素等调节植物神经功能的药物。