曲霉菌病的症状轻重表现不一，与肺部感染的程度以及感染的类型等有关。
例如在急性侵袭性肺曲霉菌病中，患者可以出现明显的咳嗽、咳痰，可以咳出脓性痰或灰黑色痰，常可以伴有咯血的症状。部分患者还可以出现胸痛、胸闷等不适，对于严重的患者多可以有不同程度的发热，多是以低度到中度发热为主。部分患者还可以出现喘闷和呼吸困难的症状；如果是肺曲霉菌球患者可能无明显的临床症状，仅于体检时发现，部分患者可能有轻度的咳嗽和痰中带血丝的症状。
曲霉菌病的症状并无特异性，此时要结合危险因素、临床症状、影像学检查、病原学检查等以早期诊断避免误诊、漏诊。