幽门螺杆菌四联疗法的副作用有恶心、胃胀、便秘、腹泻、胃痛、轻微的肠道不适和大便变黑、尿液变黄等情况。
出现这些副作用时，患者可以不用太过于担心，若患者本身能够耐受，建议继续把四联药物服用完。但如果出现了更为严重的症状，比如出现了皮疹，这时就应该及时停药，及时去医院就诊。
另外对幽门螺杆菌四联疗法有副作用的患者可以在医生的嘱咐下联合益生菌使用，益生菌可以大大的降低药物的付作用，也是可以用来解决幽门螺杆菌耐药性问题的主要的手段。