淋球菌性肛门直肠炎有发生癌变的可能，但是只见于慢性的淋球菌性肛门直肠炎。
有些患者发生淋球菌性肛门直肠炎后，没有得到积极地治疗，患者就会发展成慢性的炎症。慢性炎症会对直肠粘膜造成持续性的刺激，导致直肠粘膜出现炎性的增生，粘膜增生过程中就有可能发生变异，有发生癌变的风险。直肠发生癌变和很多因素有关，炎性刺激只是其中的原因之一。
所以发生淋球菌肛门直肠炎的患者要积极的治疗，尽量减少炎症对直肠粘膜的刺激，降低直肠粘膜癌变的风险。