消化不良大便绿色可以用一些促进消化的药物，比如复方消化酶、健胃消食片等治疗，如果伴随腹胀，可以用胃肠动力药，比如莫沙必利、伊托必利等。
此外，这类患者大多同时存在肠道微生态失衡，肠道内的有益细菌减少，有害菌增加，可以服用肠道益生菌制剂或益生元治疗，比如乳酸菌素片、枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊。注意调整饮食，吃清淡、容易消化的食物。
如果通过饮食调理，加用上述药物治疗一段时间后仍然出现大便绿色、消化不良的表现，建议及时完善电子胃镜和电子结肠镜检查，看胃肠道黏膜是否有器质性病变。如果有黏膜糜烂或溃疡，及时针对原发疾病进行治疗。