慢性咳嗽的治疗重点在于明确其咳嗽的病因，再采取不同的对症治疗，从而缓解其临床症状。例如咳嗽变异性哮喘需要予以吸入性糖皮质激素，联合止咳药物的治疗，控制其咳嗽的程度。
如果是肺部感染引起的慢性咳嗽，特别是肺结核患者，则需要予以足疗程的规范抗结核治疗。部分患者还可以因肺部慢性疾病引起慢性咳嗽，例如慢阻肺、支气管扩张、哮喘等，此时亦需要针对其原发病予以对应的治疗。
慢性咳嗽患者还要注意排外肺癌，通常还需要行相关检查、特别是支气管镜，或经皮肺穿刺明确其诊断，肺癌则要早期予以抗肿瘤的治疗。总之，引起慢性咳嗽的原因众多，需要根据具体的病因，予以相应的治疗措施。