临床上志贺氏菌也称为痢疾杆菌，是人类细菌性痢疾的病原体，可在人与人之间广泛传播。志贺氏菌属于革兰氏阴性细菌，通常分为四类：分别是痢疾志贺菌、福氏志贺菌、鲍氏志贺菌以及宋内志贺菌等等。
临床经常感染人类，潜伏期通常在七天之内。主要表现为发烧、腹痛、腹泻，病情加重，出现粘液、脓血等，志贺氏菌需要做细菌培养物才能发现。它主要引起肠感染的症状，例如腹痛和腹泻。其中，志贺氏菌具有最强的毒性，主要引起直肠和结肠的炎症和溃疡，引起细菌性痢疾并伴有发热和全身中毒。在严重的情况下，可能会发生败血性休克和中毒性脑病。在急性期或恢复期可能会发生关节炎。