经常便秘有可能会诱发肛瘘。
95%以上的肛瘘，是继发于肛周脓肿之后，5%左右的肛瘘是由外伤引起的。由于肛腺阻塞或者细菌入侵，引起肛隐窝感染化脓，扩散到肛周软组织形成了肛周脓肿。经手术切开引流或者自行破溃后，形成肛瘘。
当习惯性便秘时，粪便在肠道内长时间分解发酵，会滋生许多致病菌。由于干结的粪便在肠道内存留，导致肠道内压力增大、静脉回流不畅，引起肠黏膜抵抗力下降，容易被细菌入侵。从而形成了引起肛隐窝的感染，引起肛瘘。