偶尔灌肠不会引起便秘。但如果经常灌肠，容易引起便秘。在正常的生理状态下，人体的胃肠道有自己的固定习惯和规律，进行消化、分解、运输、排泄。当进食过多油腻的食物，或者水果、蔬菜等高膳食纤维的食物过少时，会引起粪便干结，导致便秘，这时如果调整饮食结构，配合灌肠治疗，便秘可很快缓解，偶尔的灌肠治疗，也不会对人体产生任何的不良反应。
如果经常采用灌肠的治疗方式，由于外力的作用，使粪便很容易排出体外，肠道蠕动能力就会逐渐减弱，并形成固定的习惯。当不再灌肠后，肠道因为蠕动慢，使粪便在肠道存留时间过长，引起便秘。