生殖器胀痛通常考虑是由于生殖器充血、水肿，压迫生殖器神经导致，例如男性患有阴茎硬结症、精索静脉曲张、精索静脉炎，或者海绵体损伤后压迫阴茎，从而导致阴茎胀痛。
部分患有睾丸炎或者睾丸积液的人群，会出现生殖器官胀痛的临床现象，因为睾丸炎或者睾丸积液会使睾丸肿大，容易压迫阴茎海绵体，进而导致阴茎疼痛。
女性人群患有阴道炎或者子宫内膜炎、宫颈炎后，一般会压迫阴道导致生殖器疼痛，所以建议前往正规医疗机构，做生殖器超声检查，明确具体病因。