儿童生殖器痛可能因为受到感染、过敏因素等原因引起。
如果男宝宝生殖器痛，大多与包皮过长、包茎有直接关系。由于包皮内板下有分泌物没有及时清理干净，被包皮包在龟头与内板间，堆积大量的污垢，容易造成细菌感染，还会对阴茎造成刺激，引起生殖器疼痛。
可能没有注意卫生，内裤与大人的衣物一起清洗，造成尿路感染，致病菌对泌尿道造成刺激，不仅会引起尿路刺激征，还会刺激生殖器发生疼痛。如果接触某些过敏原，或者服用某些过敏食物，也可造成生殖器疼痛，伴有瘙痒、红肿等表现。