孕早期一般是可以检查出胎儿畸形的。
孕早期是可以通过母体血清学检查，通过检测孕妇的人绒毛膜促性腺激素、甲胎蛋白，还可以筛查胎儿染色体，判断是否存在胎儿神经管缺陷。也可以通过超声检查，超声检查可以检查出胎儿畸形的类型，主要有无脑儿、脑积水、开放性脊柱裂、腹壁裂、严重的唇腭裂、单心房、单心室等。
还可以通过特殊的染色体核型分析及基因检测，判断是否存在异常的染色体。磁共振检查是对于胎儿颅脑部病变的诊断价值比较高的一种检查方式，所以孕早期是可以检查出胎儿是否有畸形的。