长期服用头孢对身体健康会有影响，其危害可体现在胃肠道方面，比如因药物成分长期刺激胃黏膜，可引起胃部不适，易有食欲减退、恶心、反胃等不良反应。
长期服用这种抗生素药物，还会导致机体菌群失调，使二重感染的风险增加，也易引起伪膜性肠炎，还会使病原菌对本药物产生耐药性。长期服用头孢，对肝肾功能也有影响，易造成肝功能、肾功能损伤。
因此，头孢药物或其他的抗生素药物都不可以长期服用，如需用药应在专业医师正确指导下使用，不可滥用抗生素。