一般发现畸胎瘤应该尽可能地进行手术的切除，并不推荐对畸胎瘤不做手术治疗。
因为有研究发现，成熟囊性畸胎瘤病人，大概有20%会发生恶变的现象，这种情况大多数是发生在生育年龄阶段。最常见的发生恶变是浸润性鳞癌，恶变肿瘤大多数是单侧的。所以，为了防止畸胎瘤恶变的出现，如果一旦诊断了畸胎瘤，就应该尽早地进行手术切除治疗，以防止肿瘤恶变出现。
即使良性畸胎瘤发生了恶变，在早期的时候，仍然需要给予积极有效地治疗。很多早期发生恶变的畸胎瘤，预后仍然会比较好。