做甲胎蛋白的检查在产科主要是要筛查神经管缺陷方面的问题，也是可以帮助筛查唐氏儿发生的几率，如果是存在开放性神经管缺陷的人群，一般甲胎蛋白的检查结果会明显增高。
甲胎蛋白的检测，用于内科的体检内容也是可以帮助提示肝脏肿瘤的发生几率和病变的程度，特别是可以针对原发性肝癌做一定的判断。
在儿童期进行检测甲胎蛋白，适用于肝癌、肝母细胞瘤、性腺畸胎母细胞瘤、肝炎等等，所以可以根据检测甲胎蛋白的结果来决定是否需要进一步的检查，以及进一步的确诊。