巨结肠是由于先天发育异常引起的。
孕期第五周神经嵴的神经细胞发育到12周结束，如果在这个期间出现发育停顿，有可能会导致肠道缺乏神经节，可能与遗传有一定关系，所以，在新生儿期就可以表现出症状。
由于先天肠管神经节细胞缺如或者功能异常，导致病变处肠管狭窄、痉挛、不通畅，近端肠管就会出现代偿性肥大、管壁增厚的改变。表现为新生儿出生以后粪便淤积在结肠，结肠扩张，孩子出生以后没有胎便或者胎便排出比较少，有腹胀或者肠型。如果做直肠指诊，可能会有大量的气体和稀薄大便排出。缺乏神经节的肠段越长，孩子出现梗阻或者大便异常越早、程度越重。