巨结肠的临床症状轻重不一，会有很大的差异。严重的在新生儿期就会出现严重的表现，轻症的有可能仅仅表现为轻度便秘而到达成年期。
正常新生儿会在二十四小时之内排出第一次胎粪，两到三天内排尽。而巨结肠的患儿，胎粪的排出以及排空时间均会推迟，一般会在两到六天内即出现完全性或者不完全性低位肠梗阻的症状。患者会表现为胎粪性便秘、呕吐，呕吐物含有胆汁或者粪便样物。
腹胀严重时会压迫膈肌，导致患者出现呼吸困难。肠道扩张严重的患儿有可能会并发肠穿孔而造成严重的感染，甚至感染性休克危及生命。严重的需要及时手术治疗，缓解梗阻症状。
症状偏轻的患者需要长期使用开塞露或者灌肠辅助排便，虽然可以暂时的缓解便秘。但数日后症状又会再次发作，而且后期帮助排便的效果会越来越差，便秘也会呈进行性加重。长期的患病会造成患者出现营养不良、贫血，患者也会因为全身抵抗力低下而继发各种感染。