肛瘘和痔疮使用药物保守治疗，可以一起治疗，但如果是手术治疗一般不建议一起治疗，因为肛瘘属于感染性疾病，而痔疮属于非感染性疾病，感染性疾病和非感染性疾病不能一起治疗。
但如果肛瘘处于发作间歇期，瘘管内并没有明显的感染以及流脓症状，瘘管周围组织的感染症状也不明显的情况下，也可以考虑和痔疮一起手术。
因为一起手术可以避免两次手术对患者造成的手术创伤，也可以减轻患者的经济负担，但需要找专业的肛肠科医生权衡利弊以后，再决定是否一起手术。