新生儿巨细胞病毒感染不会导致恶性肿瘤。由于新生儿的免疫系统没有发育成熟，在早产儿、低出生体重儿更容易感染巨细胞病毒。可以在宫内感染病毒或者围生期通过吸吮乳汁造成水平传播，病毒感染以后患儿可以出现持续的黄疸、肝脾肿大。
由于病毒感染还会影响到听力和神经系统的改变，会出现听力障碍。因为病毒可以累及多个系统和器官，患儿的临床表现也不一样，多数患儿处于亚临床型。
病毒主要侵犯中枢神经系统和单核巨噬细胞系统，患儿可以出现小头畸形、脑组织钙化、血小板减少性紫癜。长期的后遗症可以见到生长发育迟缓、智力障碍、运动障碍、癫痫。