为促使精子形态恢复正常，其治疗方案需要结合诱发病因决定。
临床较为多见的是前列腺慢性炎症，导致精子形态异常。需要结合前列腺液以及彩超等相关检查，给予头孢类或者喹诺酮类抗生素进行抗炎治疗。可同时联合萘哌地尔、吲哚美辛等对症药物治疗。坚持用药4~6周，前列腺炎症得到有效控制后，精子形态即可逐渐恢复正常。
由于重度精索静脉曲张、睾丸鞘膜积液等导致精子形态异常，需要采取手术进一步治疗。针对性给予高位精索静脉高扎手术、睾丸鞘膜翻转手术等进行治疗，这种情况可以去正规医院男科进一步诊治。