龟头包皮长小水泡可能为包皮龟头炎所致。病人不仅表现为包皮龟头局部长有小水泡，还可能会伴有局部皮肤痒、痛，严重者可能会导致局部皮肤破溃、糜烂。
也可能为阴囊湿疹所引起，多考虑可能是由于久坐或长期穿紧身裤等原因所引起，除了表现为龟头包皮有小水泡以外，还可伴有局部皮肤瘙痒、肿胀。
另外，还可能为生殖器疱疹所致，该病属于一种性传播疾病。在患病后可表现出龟头包皮部位长有水泡，同时伴有明显的痒、痛症状，当水泡破裂后，可出现局部液体渗出，还可形成表浅的皮肤溃疡。