男性阴茎上长小水泡的情况在包皮过长的男性中，经常会出现。但男性阴茎上长小水泡，多因生殖器感染性的疾病，对于有不洁的性生活的男性来说，应警惕性生殖器官疱疹的可能性。而没有过性生活的男性多因包皮龟头炎的原因。也可因皮肤病阴囊湿疹引起的阴囊上小水泡。阴茎上长了小水泡的原因是生殖器的疱疹，生殖器的疱疹是性传播性的疾病，多因病毒感染而引起的。患上生殖器疱疹一般都会有明显的水泡出现。生殖器疱疹多发生在皮肤和黏膜的交界处。先是局部的皮肤轻度发红，继而发生针尖大小的小水斑，有轻度瘙痒和发烧的情况，几天后变干而结成棕色的。本病变成平均一星期左右容易出现复发的情况。