新生儿母乳喂养拉肚子，有可能是由于生理因素引起的。由于新生儿的胃肠功能发育不成熟，体内乳糖酶的活性不足，部分宝宝在吃母乳后会出现拉肚子的症状，多数情况属于生理现象。
随着宝宝体内乳糖酶活性的增加，机体也能够加速吸收和消化乳糖，拉肚子的症状就会逐渐地改善。如果宝宝存在乳糖不耐受，可以通过适当地给予一些乳糖酶进行缓解症状。还有一部分的原因是有宝宝可能是对蛋白过敏的原因，有可能会出现拉肚子。当出现蛋白过敏的时候，宝宝需要用氨基酸的奶粉进行喂养。
如果宝宝拉肚子比较严重，主要检查大便的化验，看是否存在感染，必要的时候可给予抗感染的治疗。