引起甲状腺功能减退的原因，可以分为两部分：第一部分是原发性甲减，另外一部分是继发性的甲减。原发性的甲减指的是甲状腺本身的病变，导致出现了甲状腺激素的分泌不足，常见的病因是桥本甲状腺炎，这种疾病和自身免疫有关系。
另外就是甲亢碘131治疗后或者甲状腺手术以后也可以引起甲状腺功能减退，这是破坏甲状腺所引起。还有先天性的甲状腺发育不全，也可以引起甲状腺功能减退。再有就是病毒感染，可以引起一过性的甲减。
继发性的甲减多是由于下丘脑或者垂体的病变，导致促甲状腺激素分泌激素或者是促甲状腺激素分泌不足，从而引起了甲状腺功能的减退。