遗传性血管神经性水肿发病的机制比较复杂。其中非免疫性的发病机制占主导地位，这一类患者通常是因为情绪或者受到冷热环境或者是运动等因素的影响或者是由于体内摄入食物或药物等物质后，使得体内的组胺或者是乙酰胆碱释放，从而引发了身体出现了上述的反应。
除了上述因素以外，如果患者体内有炎症的反应产生，比如各类细菌或者是病毒感染，这种情况使身体的免疫能力被激活。当这些免疫复合物作用于人体以后，也能够诱发遗传性血管神经性水肿的出现。