肛瘘是较为常见的肛肠疾病之一，引起肛瘘的原因有多种：
1.肛周脓肿因为自行破溃之后或者引流后没有处理好而导致感染，引起肛瘘。
2.直肠肛门部位出现外伤，比如金属，吞咽骨头或者肛门镜等检查损伤肛管直肠，细菌入侵到伤口也会引起肛瘘。
3.肛裂反复感染也会容易导致皮下瘘，从而诱发肛瘘。
4.溃疡性大肠炎、克罗恩病，因为局部炎症的刺激也会导致肛瘘的形成。
5.全身性的血液感染，比如白血病、糖尿病、再生障碍性贫血等会由于抵抗力降低，血行感染形成肛瘘。