龟头有小水疱很痒，考虑可能为包皮龟头炎所引起。
如果本身存在包皮过长或包茎的情况，而没能进行包皮环切手术，再加上平时清洗阴茎时没能注意将包皮翻开彻底清洗，导致较多的包皮垢形成。大量的包皮垢过度堆积，久而久之就容易诱发包皮龟头炎。该病会导致龟头局部出现较多的小水疱，而且伴有明显的瘙痒、疼痛症状。
此外，如果存在不洁的性接触史，应警惕可能为性传播疾病所致。常见于传染性软疣、尖锐湿疣、生殖器疱疹等，都可导致龟头部位出现小水疱，而且很痒。
因此，当出现上述症状时，应及时就诊，明确诊断诱因后，进行针对性治疗。