肛乳头肥大术后有可能会再发。但不是在原来的位置再次发生肛乳头肥大，是其他位置的肛乳头出现肥大。
因为正常人的肛乳头分布于齿状线一周，有4~6个。手术切除了一个位置肥大的肛乳头，其他的肛乳头还是有可能会受慢性炎症刺激而出现纤维增生，而导致肛乳头肥大再发。
所以，肛乳头肥大的患者即使已经行手术治愈，后期患者还是需要积极治疗一些可能引起肛乳头肥大的原发疾病。比如肛窦炎、肛管炎、肛裂等，防止肛乳头肥大出现再发。