长期大便困难有可能会导致肠梗阻。长期大便困难临床上往往称为大便秘结，大便秘结容易导致肠梗阻，而肠梗阻之后也容易导致大便秘结。长期大便困难往往由于肠道特别是大肠传输功能受损所致，久而久之，会在3~5天排便一次，甚至于10天以上排便一次，其困扰患者生活，长期如此会导致肠梗阻的发生。
发作初期采用下胃管、持续胃肠减压、洗肠、抗感染补液等治疗，疾病会得到有效缓解。然而日后会反复发作，应根据引起大便困难的原因而采取病因治疗，使患者受益。
如果是慢传输型便秘应采取手术治疗。