肛瘘流脓是由于瘘管内出现了感染，而感染是由于内口处有粪便或者污染物质进入瘘管所引发。反复的感染就会导致瘘管内炎性渗出，产生坏死组织以及脓液，由于内口的压力高于外口，所以，产生的坏死组织和脓液就会从外口流出，从而引发肛瘘流脓的症状。
如果局部红肿疼痛症状比较明显，患者可以适当口服抗生素控制感染，并且注意局部清洁卫生，也可以配合外用消肿止痛的药物坐浴。
但这些用药保守治疗，仅能控制肛瘘一时的感染症状，后期症状还会反复发作，患者需要去医院行手术治疗，才能完全消除流脓症状。