孕期感染支原体可以视情况用药。对于孕早期的孕妇，如果发生轻度的支原体感染，例如轻度的支原体支气管炎，此时可以暂缓用药。部分患者通过注意休息，多喝温开水，避免受凉等，部分患者可以自愈。
但对于支原体感染程度较重或临床症状明显的患者，此时要根据情况予以敏感的抗生素治疗，例如支原体肺炎或支原体尿路感染的孕妇，则需要用药治疗。
因为支原体感染如果未及时的予以控制，可能会对孕妇以及胎儿造成不利的影响。此时多选择副作用小的大环内酯类的阿奇霉素抗炎治疗，禁止使用氟喹诺酮类的左氧氟沙星或莫西沙星抗炎，此类药物对胎儿会有致畸形，并影响其发育等不良反应。