肛裂用药分为内治法和外治法：内治法，是根据患者不同的证型，采用不同的方剂进行口服治疗，如血热肠燥证，治法以清热、润肠、通便，常用方药为凉血地黄汤和脾约麻仁丸加减；阴虚津亏证，治法以养阴、清热、润肠，常用润肠汤加减。
外治法分为熏洗法、敷药法和塞药法，熏洗法采用中药进行坐浴，有减轻疼痛，保持局部清洁的作用；敷药法是将药物涂抹在肛裂的裂创之处，起到消肿止痛的作用；塞药法常用栓剂塞到肛门内，同样起到消肿止痛、润肠通便的作用。
药物治疗仅适用于早期肛裂，而对于陈旧性肛裂的患者，则宜采用手术方法治疗。