做任何检查都是有一定的危险性的，不过目前为止针对婴幼儿的胃镜检查，可以选择口径比较小的胃镜器材，相对来说对婴幼儿产生的伤害的几率要小一些。
婴幼儿进行胃镜之前应注意避免喝水、吃饭，空腹检查后半小时之内也不要喝水、吃饭，否则可能会导致胃黏膜受到损害。
婴幼儿本身年龄比较小，在进行胃镜检查时可能会出现不固定因素，很有可能会导致孩子出现干呕、疼痛等现象。因此孩子在做胃镜检查时，家长最好能够全程陪同。