脑干出血如果出血量小于5毫升，可以通过使用甘露醇等脱水、消除脑水肿，并预防并发症等积极治疗。脑出血可以逐渐吸收，并平稳度过危险期，可以恢复。
但如出血量大于5毫升，甚至是大于10毫升，则其预后较差。即使通过药物治疗以及开颅术，或穿刺引流等积极治疗，但是其死亡率可能仍然很高。所以，脑干出血的预后跟其出血量是相关的。
脑干出血通常是因为高血压或动脉瘤，所以，对于高血压患者应该严格控制血压，保证达标，避免脑出血发生。对于有动脉瘤的患者，则需要支架辅助弹簧圈植入，避免动脉瘤破裂，引起脑出血。