坐飞机头痛可能与气压改变有关。有部分人群可能对外界气压变化比较敏感，在飞机上升时由于气压会改变，就会诱发头痛的症状，逐渐适应以后可能会逐渐消失。
坐飞机头疼还可能与心理因素有关。有很多人可能心理会充满着恐惧感，尤其是在飞机上升或者降落时，就容易引起头痛以及头胀的症状，针对这种情况主要是调整心理状态。
当存在高血压疾病时，坐飞机时有可能会导致血压异常波动，使血压增高，也容易引起头痛的症状。