肛周脓肿很多情况下都会演变转归成肛瘘。肛周脓肿和肛瘘在病理上，都属于肛门直肠周围间隙的急慢性感染。只是病理阶段不同，急性期表现为肛周脓肿，慢性期则以肛瘘的形式出现。
肛周脓肿是在肛窦隐窝感染，肛门直肠外伤、肛裂、痔疮等引起肛门直肠周围感染。炎症沿着直肠周围间隙或者淋巴管蔓延至其它组织内，造成深部或者浅部皮下脓肿。
在脓肿自行破溃或者手术引流后形成肛瘘，瘘管型脓肿见于临床上绝大多数病例，而非瘘管型脓肿较为少见。