肛瘘外口的洞比较小，一般为几个毫米，从外面看去洞口并不明显，但挤压后会有脓液从外口流出，而且由于反复的炎症刺激，会导致洞口周围的肉芽增生，增生成环状。
有些肛瘘外口也会短暂的出现闭合，洞口就会消失，局部会残留有疤痕，在下次肛瘘急性感染时，外口又会再次破溃而形成洞口。
但对于一些特殊类型感染的肛瘘，有可能外口偏大，甚至超过0.5厘米，例如结核性肛瘘，外口会呈凹陷溃疡，而且，外口的洞很偏大，脓液比较稀薄，这种特殊类型的肛瘘外口，不会出现暂时性的愈合。