肛瘘的发作时间并没有固定的规律，而且肛瘘出现急性发作症状和患者的生活习惯，饮食以及排便习惯都有一定的关系。
发作频繁的患者有可能1~2个月就会发作一次，而少部分患者可能几年也不会发作。极少数的患者肛瘘外口愈合以后有可能终身不会再发作。是由于肛瘘瘘管内皮肤化，但这种情况在临床上非常少见。
绝大多数的肛瘘患者每年都会发作2~3次，主要表现为局部肿痛以及流脓，外口流脓以后肿痛症状随之缓解，每次发作时间持续1~2周。