肛瘘大多数经手术治疗都可以一次性治愈，但还是有一定的复发率的。
因为肛瘘目前在世界上治疗还是一个难点，特别是对于一些高位复杂性的肛瘘，其复发率大约在百分之15左右。
而对于低位单纯性肛瘘，复发率接近于0，手术时由于瘘管明确，位置偏低，只要单纯的行瘘管切开或者瘘管切除术就可以，对于高位的肛瘘如果一次性行瘘管切开或者切除术，有可能会导致术后肛门失禁，需要行挂线术，特别对于一些复杂性的高位肛瘘，需要在术前做一些详细的检查，明确瘘管的走形以及内口的位置数量，这样才能降低术后的复发率。