新生儿做头部CT的危害主要是有一定的辐射，可能会杀死一些正常的细胞。但是，一般情况下影响不是特别大。
一般考虑新生儿存在头颅出血的情况下，建议进行头颅CT的检查，准确率是比较大的。一般可通过其他无辐射检查能够明确的，就不建议做CT等检查。
新生儿免疫功能低下建议加强护理，尽量避免疾病的发生。新生儿头颅还没有发育成熟，容易出现缺氧、缺血。所以，需要注意避免感染、缺氧以及外伤的发生。